首都医科大学的创始人是我国医学界和医学教育界的泰斗、两院院士、九三学社杰出领导人、全国人大常委会原副委员长、常州人吴阶平。
吴阶平生于1917年除夕之夜，父亲吴敬仪给他取名“泰然”，号“阶平”。吴宅位于常州县学街，由父辈三兄弟精心建造的大宅的大门两侧，漆有“延陵世泽，让国家风”八个大字。1921年，幼年吴阶平随父亲举家北上天津，父亲特地从常州请来周姓私塾先生给孩子们进行童蒙教育。又请他纺纱厂的工程师来教授英语和数学。吴阶平从天津汇文中学毕业后，考入燕京大学医预科。1935年，“一二·九”运动爆发，正在读预科三年级的吴阶平出于爱国义愤，参加了学生罢课和示威游行。为此差点失去参加升学考试的资格。
最终，吴阶平还是凭着硬核成绩考取了协和医学院。1946年赴美国芝加哥大学留学，师从著名泌尿外科专家、后获诺贝尔奖的哈金斯教授。哈金斯十分欣赏这位聪明、勤奋的中国弟子，挽留吴阶平留下，被他婉言谢绝了。1948年12月1日，吴阶平走下了降落在北平西郊机场的飞机。次年2月，北平和平解放。
吴阶平从入城解放军的严明军纪、党的干部的无私奉献、人民群众前所未有的饱满情绪、社会翻天覆地的巨变上，感受到中国人民站起来的自豪；从暑期教育工会组织教授们学习毛主席的《实践论》《矛盾论》等著作中，确立起科学的世界观、人生观。1956年1月，吴阶平实现了自己的愿望，加入了中国共产党。
1960年，中共北京市委决定创建一所专门面向北京的“北京第二医学院”（简称“北二医”，今首都医科大学），市委专门将“北京医学院”的吴阶平教授调任“北二医”筹备处主任、副院长（院长空缺，6年后转为院长）。市委要求当年秋季就开学，必须用自己的校舍、自己的教师、自己的教材。吴阶平无条件服从市委决定，勇敢地挑起了这副重担。
时间紧、任务重、困难多，使命在肩的吴院长带领筹备处全体同志发扬自力更生、艰苦奋斗精神，边学习、边工作、边建校，立志把“北二医”办成一所有特点的大学。所谓“特点”，就是“走一条基础临床密切结合的道路。”他遵循《实践论》的方法，也秉持中国传统哲学“知行合一”的理念，安排基础课教师先到医院去“实习”。这是一大创新，后来参加“实习”的教师普遍反映这种方法对日后教学起了很大的作用。
虽然筹备组有分工，但建校中的重大问题、重大困难，都要吴院长亲自决策。他跑遍北京选择校址、报规划局申请审核、审定基建方案、联系建筑队早日开工、拿着批件购买建筑材料……一系列从未接触过的事情等待他亲自去做。3月是北京风沙最大的时节，人们一般不大愿意出门。可早起的人每天都能看到吴院长一大早就出门，或是骑一辆小摩托，或是站在公交车站牌下焦急地等车，星期天也不例外。吴阶平自己也觉得好奇，习惯在无影灯下安静工作的自己，居然也可以头戴安全帽，在风沙尘土中扯着嗓子高声说话，能够识别钢筋的粗细、水泥的型号、打桩的密度。这位大医学家身上既有拿捏手术刀的“绕指柔”，也有在基建工地亲自指挥的“百炼钢”。
5月，“北二医”提前来了第一批大学生——124名印尼华侨学生。学校尚在建设中咋办？吴院长想方设法为他们借到条件较好的宿舍；抽调教师照顾他们的生活起居，同时帮他们补习功课；他每天坚持坐着公交车往来两小时前来关心这批特殊的学生。8月份，又在北京高考生中录取了首批399名新生。9月12日，“北二医”正式开学，校舍仍未完工，只得借用蓝靛厂安定医院三分院闲置的破庙举行开学典礼。信心满满的吴院长作了鼓舞人心的开学致辞：只要师生共同努力，一定能建设一座一流的大学，第一批入学的同学将成为“北二医”的创建者，被永远记录在“北二医”的历史上。
吴院长的教育理念是“根深叶茂”，要求让学生在学校里打牢扎实的业务基础和思想基础。业务上，他打破常规，坚持基础理论与临床实践密切结合的办学方针，使学生全面发展，避免成为会说话的书本；思想上，他要求教师坚持党的教育方针，传承中华医学“悬壶济世”“医者仁心”的优良传统，启德润心，育人铸魂。运用这种教育模式，使“北二医”的毕业生根柢槃深、枝叶峻茂。
吴院长躬耕杏坛，一丝不苟完成学院繁重的行政、教学、科研任务；又春润杏林，按党中央的安排为友好国家元首、中央领导同志诊疗。开学那年，正值我国经济困难时期，吴院长响应国家号召带头减粮，成为全校粮食定量最少的人；新校区食堂还未建好，他就和师生们一起在工棚里席地而坐，一面啃窝窝头咸菜，一面谈笑风生；他和食堂的师傅、收发室的校工交上了朋友，经常到食堂帮厨，为校工看病；寒假临近春节，年三十那天，他惦记着住校的100多位归侨学生，便和食堂师傅商量怎样让学生过好除夕，师傅好不容易弄来一批白薯，吴院长和归侨学生一起说着笑着，吃着白薯度过除夕，也度过自己的生日……
1967年起，吴阶平兼任中央领导保健小组组长。1970年，周恩来总理亲自把他从“北二医”调往医学科学院任副院长、院长。1985年，他重回母校中国协和医科大学任校长，再次从事医学教育事业。上世纪九十年代，当选九三学社第九届、第十届中央主席；第八届、第九届全国人大常委会副委员长。既为“良医”，又为“良相”。